Министерство осуществляет координацию и контроль деятельности следующих подведомственных учреждений:
ГБУ РД «Дирекция особо охраняемых природных территорий, охраны животного мира и водных биоресурсов»
Магомедов Али ГаджимурадовичДиректор
ГБУ РД «Дирекция природного парка «Верхний Гуниб»
Магомедов Шамиль ДжахпаргаджиевичДиректор
ГБУ РД «Центр геологической информации, геолого-экологических изысканий и лабораторных измерений»
Залбеков Магомедгаджи МагомедсаидовичДиректор
ГКУ РД «Дагводсервис»
Магомедов Магомед ГазиявдибировичДиректор