Министерство осуществляет координацию и контроль деятельности следующих подведомственных учреждений:
ГБУ РД «Дирекция особо охраняемых природных территорий, охраны животного мира и водных биоресурсов»
Магомедов Али ГаджимурадовичДиректор
ГБУ РД "Дирекция природного парка"Верхний Гуниб"
Магомедов Шамиль ДжахпаргаджиевичДиректор
ГБУ РД «Центр геологической информации, геолого-экологических изысканий и лабораторных измерений"
Магомедов Юсуп КурбановичДиректор
ГКУ РД "Дагводсервис"
Магомедов Магомед ГазиявдибировичДиректор