Министерство осуществляет координацию и контроль деятельности следующих подведомственных учреждений:
ГБУ РД «Дирекция особо охраняемых природных территорий, охраны животного мира и водных биоресурсов»
Омаров Расул ШахрудиновичДиректор
ГБУ РД "Дирекция природного парка"Верхний Гуниб"
Магомедов Шамиль ДжахпаргаджиевичДиректор
ГБУ РД «Фонд геологической информации Республики Дагестан"
Магомедов Юсуп КурбановичДиректор
ГКУ РД "Дагводсервис"
Магомедов Магомед ГазиявдибировичДиректор